Proteom Centrum Tübingen – Universität Tübingen, Institut für Zellbiologie

Das Proteom Centrum Tübingen (PCT) wurde als Teil des Interfakultären Instituts für Zellbiologie (IFIZ), Universität Tübingen, im Jahr 2003 gegründet. Das PCT entwickelt und verwendet modernste Methoden im Bereich der quantitativen Massenspektrometrie (MS)-basierten Proteomik. Des Weiteren ermöglicht das PCT als Service-Einheit der Universität Tübingen Proteinanalysen als Dienstleistung für eine breite wissenschaftliche Gemeinschaft.

Das PCT hat Kernkompetenz im Bereich der hochauflösenden Peptid-basierten („Shot-gun“) quantitativen Proteomik , welche einen hohen dynamischen Bereich in der Proteinidentifikation ermöglicht. Die quantitativen Arbeitsabläufe umfassen hauptsächlich die Markierung von Zellen und Geweben mit stabilen Isotopen und der anschließenden Messung der verdauten Proteine mittels modernen LTQ-Orbitrap Massenspektrometer. Des Weiteren verfügt das PCT über die notwendige technische Infrastruktur und fachliche Kompetenz im Bereich der Protein/Peptid-Auftrennung basierend auf verschiedenen HPLC („high pressure liquid chromatography“) Methoden (Ionenaustausch, Umkehrphasen-Chromatographie, etc.) sowie in den Bereichen Zellkultur, biochemische, molekularbiologische und bioinformatische Analyse von „Shot-gun“-Daten.

Zentrale Forschungsgebiete des PCT beinhalten die Verbesserung genomischer Annotationen mit Hilfe MS-basierter Proteomik (Proteogenomik), sowie die Analyse von Signaltransduktions-Netzwerken und deren Evolution in Prokaryoten und Eukaryoten. Ein besonderer Schwerpunkt liegt dabei auf der Untersuchung Posttranslationaler Modifikationen (PTM) von Proteinen, insbesondere Phospho-Proteomik und der Identifizierung von Kinasesubstraten. Weitere Forschungsgebiete umfassen die klinische Proteomik, sowie die vergleichende Proteomik von Modellorganismen.