Von Anfang an hat CeGaT mit ExomeXtra® die genetische Diagnostik über die üblicherweise untersuchten, kodierenden Regionen hinaus erweitert, indem die Coverage für nicht-kodierende Varianten hinzugefügt und ein genomischer Backbone für die Bestimmung von CNVs im gesamten Genom eingeführt wurden. Die neueste Version 6 von ExomeXtra® baut diese Fähigkeiten weiter aus: Sie erfasst alle nicht-kodierenden Spleißstellen und alle nicht-kodierenden RNAs, die am Spleißprozess beteiligt sind. Zusätzlich erweitert das Screening auf relevante Infektionen den diagnostischen Nutzen von ExomeXtra® auch in der Pränataldiagnostik.

Einbeziehung nicht-kodierender Spleißstellen und aller snRNAs in beiden Spleißosomen, einschließlich RNU4-2

„Spleißdefekte können schwerwiegende Folgen haben. Doch bei der konventionellen Exom-Diagnostik werden relevante Varianten übersehen, wenn sie in nicht-kodierenden, nicht-translatierten Exons liegen. Außerdem werden nicht-kodierende spleißende RNAs meist nicht analysiert.”, erklärt Dr. Florian Battke, Director of Development bei CeGaT, und betont: „Genau hier setzt unsere ExomeXtra®-Anreicherung an. Sie deckt nun alle kleinen nukleären RNAs (snRNAs) beider Spleißosomen ab, darunter auch RNU4-2.” Eine kürzlich erschienene Publikation¹ identifizierte RNU4-2 als häufige Ursache für syndromale neurologische Entwicklungsstörungen, was die Bedeutung seiner Einbeziehung unterstreicht.

Einführung eines pränatalen Infektionsscreenings

In Anbetracht der Auswirkungen pränataler Infektionen auf die Gesundheit des Fötus bietet die neueste Version von ExomeXtra® ein Screening auf Infektionen wie Toxoplasmose, Varizellen, Ringelröteln, Syphilis und Herpes Simplex Virus Typ 1 und 2. Diese Infektionen sind nicht genetisch bedingt und bleiben bei herkömmlichen Exom-Sequenzierungen unentdeckt, können jedoch zu auffälligen Ultraschallbefunden und ernsthaften Auswirkungen auf die fötale Entwicklung führen. Durch dieses Screening werden eine frühzeitige Identifikation und Intervention möglich.

Verbesserter Backbone für Array-ähnliche CNV-Detektion und Abdeckung zusätzlicher nicht-kodierender Varianten

„Unser Ziel bei CeGaT ist es, stets die neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse zu integrieren und unsere Exom-Diagnostik so zu optimieren, dass jede genetische Erkrankungsursache entdeckt werden kann.“, erklärt Dr. Dirk Biskup, Geschäftsführer und Mitgründer von CeGaT. „Mit diesem Update haben wir die Coverage krankheitsassoziierter nicht-kodierender Varianten auf über 46.000 Zielregionen erweitert. ExomeXtra® ist das einzige Exom, das eine vollständige Coverage relevanter Varianten aus den ClinVar- und HGMD-Datenbanken bietet.“ CeGaT hat den CNV-Backbone für die Array-ähnliche Detektion von Kopienzahlvariationen (CNV) im gesamten Genom durch Hinzufügen von Sonden verstärkt und damit auch die Dichte in der Nähe kodierender Gene. Darüber hinaus wurde die Coverage auf Gene mit Repeat-Expansionen erweitert, die mit neuromuskulären und neurodegenerativen Erkrankungen in Verbindung stehen, darunter SCA1 (ATXN1), SCA2 (ATXN2), SCA3 (ATXN3), SCA6 (CACNA1A), SCA7 (ATXN7), CSTB, FGF14², HTT, JPH3, NOP56, NIPA1, PABPN1 und weitere.